Ngày 5 tháng 3, tướng Leonard von Kaupisch được bổ nhiệm làm tư lệnh chiến dịch tại Đan Mạch, với tham mưu trưởng là Thiếu tướng Kurt Himer. Tướng Himer tạm nắm quyền tư lệnh cho đến khi von Kaupisch đến Copenhagen ngày 10 tháng 4 năm 1940.[14] Bộ Tư lệnh tối cao Đức đã lên kế hoạch cho cuộc tiến công phối hợp nhằm tràn vào Đan Mạch một cách nhanh nhất có thể, dự kiến là trong một thời gian tương đối ngắn vào sáng ngày 9 tháng 4, sẽ tiến hành một loạt các cuộc tấn công tại Đan Mạch, trên cả ba hướng đất liền, biển và trên không, bao gồm một cuộc tấn công không vận tại các sân bay ở Aalborg, một cuộc đổ bộ bất ngờ của bộ binh với sự trợ giúp của hải quân tại Copenhagen và một cuộc tấn công đồng thời trên bộ băng qua bán đảo Jutland.[15]

Ngày 2 tháng 4 Hitler đã ấn định thời điểm tấn công là vào lúc 4h15 ngày 9 tháng 4 (5h15 giờ Đức). Kế hoạch tấn công cụ thể như sau:[16]

• Một tiểu đoàn tăng cường (tiểu đoàn 2, trung đoàn bộ binh 308 thuộc sư đoàn bộ binh 198) trên tàu du lịch bọc thép "Hansestadt Danzig" nặng 2.430 tấn, được hộ tống bởi tàu phá băng "Stettin" (Nhóm tàu 8), sẽ tiến về phía bắc đảo Zealand, đổ bộ lên Copenhagen, đánh chiếm Kastellet - tổng hành dinh quân đội Đan Mạch - và đảm bảo chắc chắn rằng vua Christian X và chính phủ Đan Mạch không chạy trốn khỏi đất nước.
• Cùng lúc ấy Đại sứ Đức tại Copenhagen, Cecil von Renthe-Fink, cùng với tham mưu trưởng của ông - vốn được phái đến thành phố từ hôm trước bằng đường dân sự - sẽ thông báo với bộ trưởng ngoại giao Đan Mạch yêu cầu phải chấp nhận sự chiếm đóng của Đức.
• Sư đoàn bộ binh 198 với 14.500 quân dưới sự chỉ huy của Thiếu tướng Otto Röttig sẽ tiến đánh Zealand và Lolland-Falster. Lực lượng chính của sư đoàn sẽ đổ bộ tại Korsør và tiến về phía bắc tới Copenhagen, trong khi một lực lượng nhỏ hơn sẽ chiếm Nyborg trên đảo Fyn để lập đầu cầu đổ bộ và cắt đứt con đường liên lạc giữa Jutland và đảo Zealand.
• Lính dù thuộc tiểu đoàn 4, trung đoàn dù số 1 sẽ đổ bộ tại đảo Masnedø, đánh chiếm pháo đài và cầu Storstrøm một cách nguyên vẹn.
• Tiểu đoàn số 3 thuộc trung đoàn bộ binh 305 sẽ lên các tàu Đức "Mecklenburg" và "Schwerin" từ Warnemünde để đến Gedser và hành quân về phía bắc.
• Một lực lượng nhỏ hơn sẽ lên bờ tại Middelfart và Snoghøj để chiếm cây cầu Little Belt cũ.
• Lữ đoàn súng trường cơ giới số 11 với 8.800 quân, do đại tá Angern chỉ huy, được hỗ trợ bởi các tiểu đoàn súng máy số 4 và 14 cùng một tiểu đoàn từ trung đoàn "Đại tướng Göring" sẽ vượt biên giới tại Padborg và Rens. Sau đó, họ phải di chuyển lên phía bắc để hội quân với lính nhảy dù, được bố trí thả xuống Aalborg vào sáng sớm để chiếm 2 sân bay ở đó.
• Đơn vị Thiết giáp đặc biệt số 40, các đơn vị pháo binh số 2 và 3 cùng 3 tàu bọc thép sẽ hỗ trợ cho cuộc tiến quân vào Jutland với 43 xe tăng loại Panzer I và Panzer II cùng nhiều xe thiết giáp trinh sát hạng nhẹ Sonderkraftfahrzeug 222 và hạng nặng Sonderkraftfahrzeug 231.
• Quân đoàn Không quân số 10 Đức huy động 10 phi đội máy bay ném bom và 10 phi đội máy bay chiến đấu sẵn sàng hoạt động, tổng cộng xấp xỉ 250 chiếc. Các máy bay sẽ tấn công thị trấn Værløse nhằm tiêu diệt các máy bay chiến đấu của Đan Mạch ngay trên mặt đất và chứng tỏ với Copenhagen là họ sẵn sàng thả bom thủ đô nếu chính phủ Đan Mạch quyết định kháng cự. Có thêm hai phi đội Stuka ở trong tình trạng báo động tại Đức, ngoài ra quân đoàn còn có một số máy bay trinh sát và vận tải sẵn sàng phục vụ.
• Một đội mặc thường phục thuộc lực lượng biệt kích Brandenburg sẽ băng qua biên giới một vài giờ trước cuộc xâm lăng, để ngăn chặn người Đan Mạch phá hủy các cơ sở quan trọng.
• Hải quân Đức sẽ cung cấp các tàu chiến và tàu vận tải cần thiết cho chiến dịch.